Aufbruch
Nach 1989 kommt es unter dem Präsidium von Pfr. Hans-Peter Christen (1987-1993 und 1994-1998) zu einem Aufbruch in der EKVZ. 1990 formuliert der EKVZ-Vorstand Selbstverständnis und Stossrichtung in zwölf Grundsätzen. Die Mitgliederzahl steigt innert zwei Jahren von rund 100 auf etwa 250 Mitglieder. Der erste EKVZ-Rundbrief erscheint. Die Vereinigung äussert sich erneut zu aktuellen kirchlichen und gesellschaftspolitischen Fragen. Dies ist mit Auseinandersetzungen verbunden:
Prof. Georg Huntemann, Bremen, hält 1989 auf Einladung der EKVZ in der voll besetzten Helferei des Grossmünsters einen kritischen Vortrag über die feministische Theologie. Mehrmals nimmt die EKVZ Stellung zum Richtungskonflikt in der Kirchgemeinde Eglisau. Im Zentrum ihrer Kritik steht das Verhalten des Kirchenrats, der beharrlich eine der beiden Konfliktparteien bevorzugt und sie finanziell unterstützt.
1991 prüft die EKVZ als Folge der Einseitigkeit des „Kirchenboten“ und namentlich einer konkreten Wahlempfehlung bei den Regierungsratswahlen die Herausgabe einer Alternative. Auf Anfrage der EKVZ erklären sich zahlreiche Kirchgemeinden im Kanton bereit, ihre Gemeindeseite einer Zeitung der EKVZ beizulegen. Es kommt allerdings nicht so weit, denn der vom Pfarrverein herausgegebene Kirchenbote lenkt ein. Sonja Beier-Maag, Mitglied der Kirchensynode seit 1987 und Vorstandsmitglied der EKVZ, wird in die Herausgeberkommission gewählt.
Kritisiert wird 1992 die tendenziöse Darstellung bibeltreuer Einrichtungen im Buch der kantonalen Erziehungsdirektion über „totalitäre Gruppierungen“ (Handbuch „Das Paradies kann warten“). Der damalige Kirchenratspräsident Ernst Meili muss in der Folge zugeben, bei der Ausarbeitung mitgewirkt zu haben – ohne Wissen des Kirchenrates. Die EKVZ wendet sich gegen Segnungsfeiern der Landeskirche für Homosexuelle.